1、進水濃度過高
工業廢水的進水常常會有精細化工類的廢水，一般其氨氮、有機氮等含量較高，使得廢水處理的進水濃度過高，已經超出了氧化溝的處理能力，從而導致化學需氧量（COD）的去除效率低下。化學需氧量高時會抑製硝化菌的活性而有利於發揮異氧菌的活性，使得對工業廢水中氨氮的硝化反應受到大大的製約。與此同時，工業廢水中有機氮的含量高時，有機氮可以在一定的條件下發生水解而轉化成氨氮，從而造成廢水中的氨氮含量更高。此外，氨氮含量過高使得遊離氨的濃度增加，遊離氨的存在會明顯抑製亞硝酸轉化為硝酸，從而導致水體中亞硝酸的大量存在，對水體的淨化帶來更大的阻礙。因此，當進水濃度過高是導致工業廢水處理出水氨氮超標的原因之一。
2、有毒有害物質的影響
在工業廢水處理中有毒有害物質的存在也會使得處理工作受到較大的限製而引發廢水中化學需氧量（COD）的去除效率低下。同時，廢水處理中有毒有害物質的存在會硝化菌和反硝化菌活性的發揮將產生較大的影響，硝化菌大多是自養型的菌類，不但其繁殖速度較慢，其對外界環境的適應能力很差，比較容易受到外在因素的影響而失活。因此，工業處理廢水中有毒有害物質的存在會造成大量的硝化菌失活而無法發揮其應有的硝化反應功效，並且有毒有害物質對硝化菌活性的影響使很難恢複的，這就會在很大程度上造成工業廢水處理出水的氨氮超標。
3、pH值的影響
通過來說，所有的菌群要發揮其應有的活性都需要其適宜的酸堿環境，在工業廢水處理中pH值的變化會對在水體中生長的硝化菌和反硝化菌產生巨大的影響。例如，在廢水處理中的氨和亞硝酸鹽的氧化菌其活性的發揮都會受到pH值的影響，如氨氧化菌要在弱堿性的環境下才能有活性而進行相應的生化反應，最終來發揮其應有的處理和淨化水質的目的，如果pH值的變化不利於氧化溝中的硝化菌及反硝化菌的活性發揮，並且還會造成氧化菌自身失活轉變成氨態氮，將增加進水的氨氮含量而最終引起工業廢水處理的難度增大，使得廢水處理出水的氨氮超標。
4、水溫過高
在工業廢水處理中，如果進水的水溫過高也會對處理出水的氨氮指標產生較大的影響。首先，在廢水處理過程中微生物如硝化菌等的活性受環境因素的影響極大，高溫的環境會使得大量的微生物菌群失活，如在氧化溝的脫氧亞硝化反應的菌群受溫度因素的影響巨大。其次，水溫過高對氧化溝中溶解氧的濃度有較大的影響，會造成氧化溝中溶解氧的濃度降低，從而使得氨氧化和亞硝酸鹽氧化反應受到較大的影響，最終造成工業廢水處理難度增大，甚至導致出水氨氮超標。
